Après la mort de sa femme, Frank décide de réintégrer le FBI. Il fait la connaissance de sa nouvelle équipière, Emma Hollis, avec qui il enquête sur le crash d'un avion dont tous les passagers étaient jumeaux. Une affaire qui implique le groupe Millenium.

Une survivante du crash pourrait être en mesure de donner des explications sur le crash de l'avion. Pendant ce temps, Emma découvre la face cachée du Groupe Millennium.

Trois élèves sont abattus lors d'un match de football universitaire. Le principal suspect se suicide avant tout interrogatoire et l'affaire est classée sans suite. Frank pense pourtant que ce triple assassinat est lié au fameux bug de l'an 2000

Traumatisée par le meurtre de sa soeur, Emma enquête sur trois individus qui multiplient les actes de violence gratuite. Elle finit par être prise en otage par l'un des criminels.

Frank et Emma tentent de découvrir l'identité d'un tueur en série qui sévit sur les plateaux de télévision d'un film de série B. Mais ces événements rappellent à Frank une enquête qu'il avait menée treize ans auparavant et dont les auteurs du film s'inspirent honteusement.

Frank rencontre un homme qui semble peu équilibré et a des visions d'ossements d'humains. Le FBI découvre alors de nombreux squelettes enterrés. Peter Watts refuse que cette macabre découverte soit dévoilé au public. Il prend alors contact avec Emma&

Un criminel emprisonné pour le meurtre et le viol d'une jeune fille risque d'être libéré sous peu. Frank insiste fermement pour que cet individu reste en prison. En vain. Suite à sa libération, des jeunes filles disparaissent de nouveau.

Deux femmes se droguent dans une chambre d'hôtel. L'une d'entre elles va se rafraichir dans la salle de bains et lorsqu'elle ressort, elle a l'apparence d'un zombie. Effrayée, son amie décide de faire appel à Emma.

Frank emmène sa fille, Jordan, en vacances à la montagne pour Noël. Il se retrouve mêlé à une curieuse affaire impliquant un membre éminent de la Mafia que l'on croyait mort depuis une décennie et qui refait mystérieusement surface. Frank apprend alors l'existence d'êtres surnaturels dans les bois voisins.

Jordan tombe gravement malade et risque de mourir. Frank remue ciel et terre pour trouver un antidote. Il découvre alors que trois autres personnes souffrent des mêmes symptômes

Un vieil homme enlève la fille de Watt, dans l'espoir d'étaler en plein jour la participation du groupe Millennium dans la guerre du Golfe

Un inconnu envoie à Frank Black une cassette contenant uniquement un bruit sourd. Bien qu'apparemment inoffensive, la bande évoque à Frank la mort mystérieuse de deux personnes

Frank enquête sur Lucy Butler, une étrange baby-sitter, qui s'occupe de Divina, la fille d'un futur gouverneur. Lucy semble être mêlée à une affaire de meurtre. Frank craint pour la vie de Divina

Le suicide d'un ancien agent du FBI donne l'occasion à Frank et à Emma de se plonger dans le passé du groupe Millennium, au cours des années 1940. Les anciens dirigeants du groupe aurait fait enlever la fille d'un éminent scientifique ayant participé à l'élaboration de la bombe atomique.

Frank et Emma cherchent des réponses lorsqu'un groupe de religieux fanatiques kidnappent une femme juive enceinte

Lorsqu'une nouvelle famille s'installe dans le voisinage, Jordan commence à avoir d'étranges visions

La jeune Cassie Doyle vient de s'échapper de l'hôpital psychiatrique où elle est internée. Alors que les alarmes de la sécurité retentissent, elle se dirige vers l'autoroute et arrête la voiture du policier Joe Mc Nulty. Brandissant sur le policier l'arme qu'elle vient de lui dérober, elle l'emmène dans une longue cavale : Cassie est soupçonnée d'avoir décapitée l'aide-soignante de l'hôpital, tout comme ses parents en 1992

Frank et Emma enquêtent sur un cargo japonais où ils ont découvert cinq mains sur de la glace, dans une valise métallique et un mystérieux bol rouge

Frank reçoit un paquet anonyme contenant des polaroïds de lui. Il se souvient qu'un tueur, aujourd'hui décédé, employait cette méthode. Il en informe aussitôt les autorités. Mais l'agent spécial Del Boxer pense que Frank fait une dépression nerveuse

Franck et Emma enquêtent sur les meurtres de plusieurs jeunes femmes qui disparaissent dans la même petite communauté de South Mills. Ce village est celui où Emma a passé son enfance

Franck est à la poursuite d'un serial killer dont le modus operandi est identique à celui qu'avait adopté un criminel exécuté sur la chaise électrique

A la suite de l'explosion de l'appartement, Barry Baldwin, blessé, est transporté en ambulance. Mais durant le voyage jusqu'à l'hôpital, un médecin enfonce délibérément un bout d'éclat dans sa poitrine