Un an a passé depuis l'arrestation de Joe Carroll. Enfermé dans le couloir de la mort et son culte a priori démantelé, Hardy, de retour au FBI, espère tourner la page mais une nouvelle scène de crime vient lui rappeler ses erreurs passées.

Le lendemain des meurtres mis en scène, Mark est prêt à repasser à l'action. Ryan trouve la connexion entre Mark et Andrew : le Dr Strauss, qui l'a initié comme il l'a fait avec Joe Carroll. Pendant ce temps, les fidèles de Mark visent Jeffrey Clarke.

Lors de la déclaration à la presse concernant la mort de l'agent Clarke, Hardy couvre la vérité ce qui rend Mark furieux. Daisy et Kyle sont officiellement recherchés, contrariant leurs plans, et Hardy doit faire appel à de vieux contacts pour retrouver Neil, le tueur aux boîtes.

Le FBI est parvenu à trouver une piste sur Kyle et Daisy, qui ont déjà prévu leurs prochaines attaques qui semblent viser directement la famille Hardy. Mark commence de plus en plus à douter de ses partenaires.

Le procès du Dr Strauss commence. La campagne de dénigrement organisée par Kyle et Daisy a porté ses fruits, mais ils n'en ont pas fini et s'en prennent au témoin-clé, Carrie Cooke. Hardy n'a que peu de temps pour tenter de la sauver et envoyer Strauss en prison.

Hardy n'a plus d'autre choix que de demander l'aide de Joe Carroll. Celui-ci l'oriente vers une petite ville où plusieurs personnes ont disparu en 20 ans, et où Strauss s'est réfugié en attendant son meilleur apprenti.

L'un des protégés de Strauss s'évade grâce à celui que le chirurgien considérait comme son meilleur élève. Les deux hommes organisent leurs disparitions, mais Hardy est déjà sur leurs traces. Max revient au bureau, encore blessée, ce qui accroit les tensions entre Mike et Tom.

Le FBI suit la piste d'un suspect mais Hardy sait qu'il n'est qu'une leurre laissé par le vrai tueur hackeur. L'exécution de Joe approche et Ryan comme Joe pensent inconsciemment de plus en plus l'un à l'autre.

Theo commence à se venger de Hardy en piratant ses comptes et en falsifiant plusieurs rapports le concernant. Il récupère également un carnet appartenant à Strauss contenant une liste codés de tous les fidèles du docteur. Joe a vent des méfaits de Theo, qu'il reconnait pour l'avoir croisé dans un de ses cours.

Le jour de l'exécution de Joe est enfin arrivé, mais le tueur n'en a pas fini : il parvient à se libérer et prendre des otages, qu'il épargnera si Ryan Hardy le rejoint. Theo les observe de chez lui, où il essaie de craquer le code de Strauss

Ryan est encore sous le choc de la mort de Joe, qui le hante et le ramène vers l'alcool. Max trouve une piste sur le passé de Theo : le massacre d'une famille à Philadelphie dont seul le fils avait réchappé avant de tuer le principal suspect et de disparaitre. Mark et Daisy cherchent à contacter Theo.

Theo, Daisy et Mark se retrouvent et s'accordent pour démasquer l'agent du FBI qui a récupéré leur système d'espionnage, Tom, totalement dépassé par le meurtre de Sloan. Ryan recherche la sœur de Theo par ses planques habituelles.

Theo et Ryan organisent leur échange : Mike contre Penny. Mike essaie de semer le doute entre Daisy et Mark, toujours désireux de le tuer. Ryan perd pied, boit et se laisse envahir par les idées de Joe, qui le pousse à torturer Penny.

Maintenant que sa sœur est morte, Theo perd pied et Ryan compte dessus pour capturer le tueur quand il s'attaquera à l'un de ses proches. Theo et Daisy s'attaquent cependant à quelqu'un à qui Ryan n'a pas pensé : Gina Mendez et sa famille. Dans son ambition, il utilise deux hommes d'Eliza.

Theo a capturé Ryan et un autre agent et s'est réfugie dans un bunker. Comme Max, Ryan comprend qu'il y a quelque chose d'autre. En effet, le réseau d'Eliza veut l'agent vivant. Les conflits d'intérêt vont entrainer beaucoup de morts.