Alors que Brainiac s'approche de la mort après avoir tenté d'arrêter Lex, Supergirl et son équipe font tout leur possible pour le sauver, s'engageant dans une bataille épique avec Gamenmae.

Alors que les enjeux avec Lex sont plus élevés que jamais, Lena doit décider jusqu'où elle est prête à aller pour arrêter son frère. Pendant ce temps, Supergirl et son équipe sont confrontées à un défi qui ne ressemble en rien à ce qu'ils ont jamais connu auparavant, ce qui amène Alex à son point de rupture.

Supergirl se fait un nouvel allié. Lena et Lex se battent pour le contrôle de Luthor Corp.

Supergirl trouve une opportunité de s'échapper de la zone fantôme, mais cela s'accompagne de conditions dangereuses. Pendant ce temps, Lena rejoint les Super Friends en mission mais découvre qu'elle n'est pas d'accord avec leur plan d'action contre les Phantoms et se demande si elle est vraiment prête à faire partie de l'équipe.

Nia et Brainy tentent de sauver Supergirl de la zone fantôme en voyageant dans le temps jusqu'à la maison de Kara en 2009. Bien que déterminés à sécuriser l'objet nécessaire pour aider Supergirl, Brainy s'inquiète de garder un profil bas afin de ne pas modifier la chronologie future. Cependant, lorsque leur navire s'écrase à leur arrivée, une jeune Kara Danvers est la première sur les lieux. Pendant ce temps, une jeune journaliste nommée Cat Grant jette son dévolu sur Midvale car elle soupçonne qu'il y a une grande histoire dans la petite ville.

La jeune Kara fait l'expérience de la kryptonite pour la première fois, Nia et Brainy sont piégées par des extraterrestres et un jeune Cat Grant peut être la raison pour laquelle Supergirl ne sort jamais de la zone fantôme.

Alors que les Super Friends bravent la Zone Fantôme pour ramener Supergirl à la maison, chaque membre de l'équipe est confronté à des visions de leur pire peur.

Alors que Supergirl et Zor-El font leur retour à National City, ils sont déterminés à laisser la Zone Fantôme derrière eux et à profiter de leur statut de super-héros. Malheureusement, leur excès de zèle se retourne contre eux, créant une toute nouvelle menace pour National City.

Kelly rencontre Joey, un jeune alien orphelin, qui se comporte mal dans sa famille d'accueil car il a peur que quelque chose ne tourne pas rond chez son frère Orlando, qui est incarcéré. Kelly demande à Kara de l'aider à enquêter et elles tombent sur des cas de maltraitance à la prison. Pendant ce temps, Nyxly s'incruste dans un des rêves de Nia et lui demande de l'aide.

Supergirl intervient lorsqu'un immeuble dans les Heights, destiné à accueillir des logements à loyer modéré, risque soudainement d'être vendu à une grande entreprise. Supergirl recrute Orlando pour l'aider à convaincre la ville, mais les choses tournent mal lorsque Nyxly se présente. Pendant ce temps, Nia s'entraîne avec sa mère.

Supergirl et son équipe doivent empêcher Nyxly de faire disparaître un visage familier du passé de Supergirl : M. Mxyzptlk. Mxy revient et explique la sombre histoire de Nyxly à la super équipe de la meilleure façon qu'il connaisse - sous forme de chanson. Pendant ce temps, Lena visite le lieu de naissance de sa mère à Terre-Neuve, désireuse de fouiller dans son passé, mais elle est choquée par l'accueil glacial de la petite ville à son égard.

Kelly est horrifiée lorsque l'immeuble Ormfell explose, blessant de nombreux membres de la communauté, dont Joey. Cependant, son horreur se transforme rapidement en frustration lorsqu'elle réalise que l'hôpital est débordé, que les gens sont de plus en plus malades et que personne ne vient les aider - y compris Supergirl qui est occupée à combattre Nyxly. Sachant qu'elle peut faire la différence, Kelly embrasse son pouvoir et assume pleinement son rôle de Guardian. Rejointe par Supergirl, Alex, Diggle et l'équipe, Guardian ouvre la voie pour rétablir la justice dans la communauté déchue.

Supergirl et son équipe font la course contre Nyxly pour le contrôle d'un totem magique qui contrôle le courage. Supergirl et Nyxly s'affrontent et obtiennent chacune une partie du totem mais apprennent que la première personne à réussir l'épreuve du courage prendra le contrôle de l'ensemble. Pendant ce temps, Lena lutte toujours pour se familiariser avec son nouveau don.

Lena hésite à utiliser ses capacités magiques pour aider Supergirl à récupérer le second totem de Nyxly. William se bat pour écrire une histoire sur les Super Amis qui rende les héros et Andrea heureux. Kelly est ravie qu'Esme ait trouvé un nouveau foyer, mais les choses tournent mal et l'avenir de la petite fille est mis en danger.

Supergirl continue à combattre Nyxly pour les totems restants mais après que Nyxly ait kidnappé William, Supergirl réalise qu'elle doit prendre une position plus proactive pour garder National City en sécurité. Alex doit relever le plus grand défi de sa vie.

Kara décroche l'article de ses rêves pour Catco, mais lorsque la ville est soudainement attaquée par un monstre de cauchemar au même moment que son entretien, elle est obligée de réfléchir sérieusement à sa vie et de décider si elle peut continuer à vivre à la fois comme Kara et Supergirl. Alors que Dreamer prend la tête de la recherche du Totem du Rêve, qui peut vaincre le monstre des cauchemars à National City, elle réalise qu'elle doit demander de l'aide à sa sœur Mauve. De vieilles blessures refont surface alors que les deux soeurs se retrouvent face à face.

Lorsque Lex Luthor apparaît aux côtés de Nyxly, Supergirl et son équipe doivent faire face aux retombées émotionnelles de l'affrontement de leurs deux plus grands ennemis en même temps. Alex prépare la demande en mariage parfaite pour Kelly, mais le travail se met en travers du chemin.

Supergirl est déterminée à garder tout le monde à l'abri de Lex et Nyxly. Elle double donc ses patrouilles, d'autant plus que l'enterrement de vie de jeune fille d'Alex et Kelly approche. Alex est déchirée entre son devoir et le fait de s'accorder enfin le temps de profiter de sa nouvelle famille. Brainy reçoit des nouvelles déchirantes, et William se heurte à Andrea au sujet de sa récente couverture de Lex.

Supergirl et ses super amis prennent des mesures radicales après l'enlèvement d'un être cher par Nyxly et Lex. Un allié improbable intervient pour aider l'équipe.

Supergirl est rejointe par des visages familiers du passé pour l'aider à arrêter Lex et Nyxly pour de bon. Pendant ce temps, Alex et Kelly se préparent à marcher vers l'autel.