Lorsque des terroristes détournent une manifestation pacifique, Motoko Kusanagi voit sa chance de prouver la valeur de sa nouvelle équipe.

Une maladie rare place deux citoyens au centre d'une lutte pour le pouvoir militaire et économique.

Motoko revient d'une mission à l'étranger pour découvrir que son officier supérieur a été assassiné - et personne, à part Aramaki, ne semble vouloir faire quoi que ce soit.

Plus Motoko enquête sur la mort de son commandant, moins ça a de sens.

Après la condamnation d'un héros de guerre pour crimes de guerre, lui et son ancienne unité prennent la ville entière en otage. Leur demande : l'accès aux secrets d'État contenus dans la base de données Pandora.

Le temps presse pour empêcher l'ouverture de la boîte de Pandore.

La vie amoureuse de Motoko va mieux que jamais, et elle a même réussi à prendre des vacances de 5 heures sans précédent. Naturellement, c'est à ce moment-là que les bâtiments commencent à exploser.

Les attaques terroristes sur Newport City continuent, et l'équipe d'intervention ne fait pas beaucoup de progrès contre eux. Motoko peut-elle accepter l'aide d'un homme fait de chair et de sang ?

Motoko et son équipe se rapprochent enfin du courtier de Fire-Starter, mais la situation devient tendue lorsqu'ils reçoivent l'ordre de jouer un rôle secondaire dans une opération d'infiltration.

Motoko et la bande ont attrapé leur homme... ou pas ?